La federación nació como la Asociación Colombiana de Natación, siendo fundada en Cali el 1 de agosto de 1939. Al año siguiente de su fundación, el gobierno nacional le otorgó la personería jurídica bajo la resolución No 036 del 9 de abril de 1940.

En la asamblea general ordinaria realizada por las ligas departamentales de natación el 23 de abril de 1971 en Cali, se discutió y aprobó la implementación deestatutos, transformando a la asociación en la actual Federación Colombiana de Natación. La Gobernación del Valle del Cauca le otorgó igualmente personería jurídica el 6 de septiembre de 1973 según la resolución No. 3387. Actualmente su sede se encuentra en el edificio de la Loteria del Valle en la ciudad de Cali.